崇厚显然对这艘中国自造的轮船动了感情，一面自赠了小刀、丝绸等物品奖励贝锦泉等管带官员，一面要求他们返航时将海上所见所闻记录成书，刊印发放给南北洋各处，以资学习。
得到朝廷大加赞赏和肯定的“万年清”号于1869年11月12日离开天津返航，1869年12月8日抵达马尾，这次完全由中国官兵驾驶的北上活动圆满结束。
“万年清”号归航的这一天，沈葆桢亲自到码头迎接，他看到“万年清”号漂亮的身影顺利回到马江之畔，船政员工远远的望见，都欢呼起来，不由得泪湿衣襟。
吴大廷林义哲等人下了船，来到岸上，和沈葆桢等人相见，谈及这几日所经历的艰险和风波，吴大廷嘘唏不已，而沈葆桢看到林义哲变得黑瘦了些，但人却显得比以前更为壮实，去了几分书卷气，显得坚毅沉稳，不由得心怀大慰。
一行人回到船政衙署，忙完了公务，空闲时分，沈葆桢便将林义哲叫到了身边，将一封书信交给了他。
“你看看吧！”沈葆桢叹了口气，“这是要和我划地绝交呢。”
林义哲接过书信，没有立刻打开，而是先看了看信封。一看是左宗棠写来的，立刻便明白过来。
林义哲打开信封，取出信纸，仔细看了起来。
“……自汝执掌船政以来，初尚能尊吾之意，不意而今竟听信宵小之言，罢斥贤能，又改弦易辙，弃兵商两用之船不造，而专务兵舰，须知而今海疆平靖，要兵舰何用？……想当日吾三顾于汝，畅言无忌，而今却攻讦如仇，曷可胜痛！……船政既非昔日之船政，汝亦非当年幼丹其人，割肉饲虎之举，吾不能为也。汝即弃兵商两用船不造，专造兵船，想是已有养船之法。而今西征需饷甚急，闽关之税银，吾已奏报朝廷，改济西征之军。汝好自为之！……”
“釜底抽薪，好毒辣的手段！”林义哲看完了信，眼中一时间满是怒火。
这一次左宗棠对船政的攻击没有奏效，林义哲知道他肯定还会兴风作浪，但让他没有想到的是，左宗棠的报复竟然来的如此之快！
而且这一次左宗棠的手段，可以说比上一次的攻击要阴毒得多！
船政创立之初，建厂的经费是从闽海关的四成洋税下划拨四十万两白银，另从六成洋税下每月划拨五万两白银作为运行费用。而左宗棠这一次竟然以西征需饷的名义，停了船政的运行费用，等于是掐住了船政的喉咙！
“以后咱们的日子，怕是要难过了。”沈葆桢叹息道，“想不到他左季高做事竟然如此决绝，我真是看错了他……”
“塞翁失马，焉知非福，姑父可知，船政不可能永远仰其鼻息，任由其摆布，今日之决裂，是必然之事，只是早晚而已。”林义哲说道，“早一日挣脱其羁縻，未尝不是好事。”
“话虽如此，可是而今饷源已断，又无养船之费，眼下这一关，便不好过啊！”沈葆桢面有忧色说道。
“姑父可知，就是按照左季高所想，专造兵商两用之船，经费也是无从措置的。”林义哲说道，“当初左季高的设想，船政造出之舰船不需专项维持经费，船舶之维护、舰员之薪饷都要依靠去装载商货来赚钱维持。他这一创想看似合理，实际是无从操作的，船政不可能专门组织人手去招商揽活，而用这么一艘非驴非马之船去参与商运竞争，与那些已成规模之外国船运公司相比，又显得势单力薄。即便能获利，而要以此维持一艘兵船之费，也是杯水车薪。何况船政之经费开支早在左季高在任时就已限定，哪怕没有此事，养船之费，也需另行筹措。”
“你说的有道理。”沈葆桢点了点头，“此事只能另外想办法了。”
“姑父勿忧，办法总会有的。”林义哲说出了自己今后的想法，“眼下第二号第三号轮船已经在建，兵舰暂有规模，接下来莫不如造几艘专用之运输舰，仿西洋之制，成立专司商货运输之船运公司，竞争商运，得利接济船政，也是一法。”
“不错，专造商用之船，参与航运，获利足可接济养船之费。”沈葆桢让林义哲这么一说，情绪明显的好转起来。
“此次与左氏绝裂，对船政来说，虽然近期影响很大，但长远看来，可不受其指划束缚，走上正途。”林义哲看到沈葆桢眉宇之间仍有郁郁之色，知道他还在为和左宗棠绝裂而难受，便安慰他道，“侄儿现已被朝廷委任专督改造‘万年清’舰。说明中枢还是看好船政的，虽有一时之挫折，总会过去的。”
“嗯。你说的是。”沈葆桢看着林义哲，面露期许之色，“我也从邸报当中得知，告诉你姑妈，她也是这么说的。此次改造工程，事关重大，你好好干，将来船政，还得靠你们这些少年人起来撑着。”
“侄儿定当不负朝廷厚望，姑父期许。”