中国、英国、法国、俄国、美国五国联合舰队在长崎港补给后，就浩浩荡荡杀奔横须贺，准备从这里登陆。
横须贺位于日本神奈川县南东部三浦半岛的城市中部东岸，北邻横滨，扼东京湾口，是首都东京的门户。横须贺港东侧海岸为东京湾，西侧海岸面对相模湾，由于横须贺市处于东京湾入口，使得横须贺一直日本重要的军港，就相当于天津港于北京。
横须贺原来只是一给小渔村，1865年建了炼钢厂，后发展为海军造船厂，在1877年被定为军港，1884年设镇守府，海军在沿岸广建炮台、兵营和学校，日本陆军于腹地布防并设东京湾要塞司令部。
五国联合舰队旗舰是英国海军的“威严级”战列舰的首舰，“威严级”战列舰排水量大约一万五千吨，是君权级的发展和延续，使用了哈维钢装甲板得以用较少的重量获得足够的防护，由装甲覆盖的船体在装甲带下方弯曲，与列板的下缘相接，提高了内部防护。采用新型305毫米主炮，能用无烟火药发射穿甲弹，穿透能力比以前的火炮有较大提高，而重量大幅减轻，各项性能比定远舰水平还高。当时，英国海军的“无畏舰”还没问世，“威严级”战舰就是最强大的存在。
五国联合舰队将近五十艘战舰浩浩荡荡，烟囱里面冒出的滚滚浓烟，遮天蔽日，在横须贺港口的天空形成了一团厚厚的乌云。
俄国海军这次拍了两艘“彼得罗巴弗洛夫斯克级”战列舰，分别为“彼得罗巴甫洛夫斯克”号和“罗斯季斯拉夫”号，四艘“亚历山大二世级”战列舰，分别为“亚历山大二世”号、“甘古特”号、“三圣徒”号、“伟大的西伊索”号。联合舰队的旗舰，确定为英国的“威严”号。联合舰队从长崎军港出发，加上停靠和补给的时间，不久就攻占了横须贺港口。日本的舰队早在甲午海战就被北洋水师打残了，此时根本不是联合舰队的对手。
联合舰队攻占横须贺，让五国陆军一时间士气大振。加上中国坦克部队和重炮部队的上场表演，日本陆军一败涂地。
1897年6月，首批联军陆战队在横须贺登陆，接着15万联军占领了日本全境，开始以盟国占领军的名义占领日本。从6月30日到7月6日，由段祺瑞、曹锟率领的20万中国后备军陆续进驻日本，控制了东京等各大都市和战略要点。
日本的明治天皇很惶恐，生怕自己的皇位不保，只得再次罢免了山本权兵卫，重新启用大隈重信为首相。大隈重信成为首相后，立即废除了日本的军部，和五国和谈。为了避免日本天皇受辱，他宣布日本政府无条件投降。
7月7日，中国等国在东京成立了“盟军最高统帅总司令部”，以中方为主体，除了设有参谋部外，还下设民政、民间情报、经济科学、天然资源等9个局，全面控制了日本的内政。当时，根据日本与五国签订的停战条约，日本解散了海军和陆军，中国依照日本投降的条款，派兵保护日本，李经述便任命曹锟为驻日陆军的总司令，将曹锟的第三师一万人马全部调往日本。尽管成立了由五国组成的“远东委员会”作为在盟军最高统帅之上的决策机构，以及由4名代表组成的“盟国管制日本委员会”作为咨询机构，但实际上一切事务都由“盟军最高统帅总司令部”和推选的盟军司令曹锟来定，所谓盟国对日本的共同占领，只不过是形式而已，实际上是中国单独占领和管制。
曹锟到东京后，按照他自己的想法，俨然把自己当成了日本的“太上皇”，一到日本，安顿好驻军，曹锟就决定杀杀日本人的威风，好让他们服从自己的意志。在一个黄昏，曹锟带着五百新军，携带最新锐的天龙步枪、马克沁机枪、过山炮和克虏伯快炮，包围了位于日本东京都千代田区九段坂的靖国神社。
靖国神社的前身叫东京招魂社。自1853年，美国海军准将佩里要求日本开港后，日本国内形成了两大对立派，即以日本天皇为中心的朝廷方和德川幕府。幕府无视朝廷的命令，因此尊王派长州藩和萨摩藩便展开了打倒幕府的内战。1868年6月28日，在明治天皇的旨意下为了“慰灵”和“显彰”在内战中阵亡的3588名军人建立了东京招魂社。1879年，根据日本军部的要求，东京招魂社改名为靖国神社，“靖国”二字，来自左传僖公二十三年“吾以靖国也”，意为使国家安定，可见小日本受中国文化影响有多大。在日本，靖国神社是国家神道的象征，每年四月和十月，日本皇室都会到此组织祭祀，可见靖国神社在日本的地位极其特殊。
靖国神社大都是木质建筑，其守护者车源太郎和小田多喜二连滚带爬跑出来，抱着曹锟的马腿痛哭求中国的军队不要毁坏靖国神社，曹锟横眉冷对，对身后的军士下令，“来人，抱材火，给我一把火全烧了！”五十个新军每人抱了一捆柴火，堆在靖国神社的四周，浇上了煤油。当是已经是秋天，冷风在耳边呼呼响，曹锟下令点火。
傍晚，这场大火从靖国神社大门开始，借着风势，蔓延到神社里面。当时天干物燥，神社里的木质房子和干枯的树木跟浇了松油似的，沾火星就着。到了下半夜，远处的天际，已经可以看见一片红光。位于中心地带的游就馆也着火了。
火红炙热的火苗噼里啪啦，窜起几丈高，屏风、门窗、楼梯都被熊熊的火焰包围，1893年建立的大村益次郎铜像都热融了，靖国神社里的牌位、祭器、仪仗等都在大火中被烧成灰烬，粗大的楠木柱子烧成了黑炭，残垣断壁随处可见。
被李经述派来协助和监督曹锟的吴佩孚赶到大火现场时，这座历史上臭名昭著的神社，已经毁于一旦，成为一片焦土，吴佩孚惊呼：“曹大帅，这下你闯大祸了！”
曹锟性情豪爽，好酒贪杯，那天正是多喝了几杯，才带兵烧了靖国神社。此时，一身戎装的曹锟望着靖国神社里的浓浓的黑烟和熊熊大火，还有不少闻讯从东京都里赶来救火的日本民众，酒已经醒了不少，知道自己确实闯祸了，他骑在马上，问吴佩孚，“依你之见，烧了日本人的靖国神社，这事到底有多严重？”
吴佩孚此时虽然只是秀才出身，但脑子灵活，跟着曹锟到日本后，对日本历史作了较为详尽的考察，他回答曹锟说：“靖国神社是日本国家神道的象征，如果让日本民众知道大帅你是有意纵火烧了它，难免会生大乱，那些激进的武士和军人肯定会造反。而且这事我们理亏，大总统那边，肯定也没办法再袒护大帅了。”
曹锟道：“现在靖国神社烧也烧了，又能怎样？”
吴佩孚说：“日本的民间报纸很多，如果要平息此事，最好的办法，就是让日本天皇宣布这是一场意外。”
曹锟点点头，道：“我这就带兵去皇宫找明治天皇，他要是敢不答应，我就废了他！”