先上奏的是军参处以陈奇瑜为代表的几个参谋，他们在联名上呈的奏章里说既应该给武将放权，让其有更大的临时机断权力以适应战场上瞬息万变的战况，同时也应该由文官对其进行有效的监督，避免掌军之人慢慢坐大最后成为汉末之董卓、曹操那样的军阀。 至于说年龄与官职挂钩一事因为是从未有之新事物所以暂不评论，是非对错由时间来验证，如果官员们不能证明这样做妨碍了朝政的施行就应该无条件执行。
军参处的人都是文官但都管的武事，所以他们说的话应该算是比较公正，这就给文武关系定了个调子。顺着这个调子辽东系将领以新任副将张静安为代表也一起联名上奏，认为文官对武将进行监督是正确的，但应该侧重于帮助和配合。打仗是武将们的本份事，但军中各种事务很繁杂让领兵之人烦心，如果让负责监督的文臣把这些事分担起来大家各司其职都有利。年龄与官职挂钩一事与武将无关所以他们也不评论。
洪承畴是文官，本想在小范围内冲动一下看能不能使自己免于降职，但他没想到因为自己的奏章使全国的官员都知道了有自己这号人，加上皇帝把他的奏章明全国让所有人表态，他才知道这事玩大了。一时间很多朋友、同年、同乡都劝他服个软撤回奏章，再对皇帝的新政吹捧一下说不准能过了这一关。
但洪承畴明白，现在全盘否定自己的话已经不可能了，那样他会里外不是人到时候别人会用他自己的话去收拾他，他知道对其不满的人和私下赞赏他的人都很多，所以他决定坚持一半放弃一半。他决定放弃的是年龄与官职挂钩一事，这件事明眼人一看就知道他是在为自己说话而不是为了朝廷作想，他一旦放弃也能体现他的高风亮节给自己加分。于是他在二次上奏中说自己考虑不周，同意军参处的用时间来验证是非对错的提议。
但对文武关系一事他表现出了强硬的坚持，他坚持认为文官必须管着武将，至少要有压制住同级别武将的权力。他的理由有两点，一是武将手里有兵，如果文官不能压制住拥有这种不安定因素的武将，一旦产生破坏力就很难办，必须要从源头上加以控制。二是从朝廷安排上来说明，他指出文官要年龄与官职挂钩是为了限制文官的野心，武将没有年龄与官职挂钩这一说，那么他们的野心就有随时膨胀的空间，从这点来说文官管着武将也是必须的。
天启并没有要求圣学院必须表态，前一阵只是让刘宗周回去后找人仔细商议出一个万全之策，但刘宗周和圣学院中其他人坐不住了。圣学院是什么地方？是退休官员在一起总结经验的地方，是博学大儒一起坐而论道的地方，刘宗周本人也是向往着能成为继往开来的大儒。儒家讲的是劳心者治人，这些退休官员也是几十年如一日地身体力行着如何治人，如何明确文官和武将的关系就是要明确在某些时候应该由谁来治谁。
在圣学院中著书立说的都是自认有两下子的人，有两下子的意思就是他们在治人方面都很有经验，个个都是治人专家。从某种意义上说治和整一个意思，因此这些治人专家也可以说成是整人专家。一看朝里朝外的大官小官都在说朝廷应该如何做，这让圣学院中的人感到很羞愧，刚登堂入室的毛头小子都在大放厥词，这让以整人专家自居的圣学院中人情何以堪？
为了证明圣学院中人不是吃素的，刘宗周代表大家奋然上奏，由于洪承畴已经放弃了想要取消年龄与品级挂钩的要求，所以刘宗周在奏章中针对文武关系一事做了具体分析和多种建议。
他先从性格上分析了武将粗豪适合在边陲以粗暴手段抗敌，文官柔弱细致适合管理内部事务包括管理武将，但让文官无条件压制住武将也不妥，应该按军事文官例将武将降品确立双方关系。比如说四品文官可以跟三品武将分庭抗礼，对三品以下武将可以奉命管理。
然后刘宗周又以历史事件为例，指出武将之所以会叛乱要么是身边没有能压制得住他的人，要么是他能够随意掌握粮草和武器装备，要么是他在一个地方呆久了使朝廷的军队成为了他的私兵，要么是他的驻扎地周围没有能与之抗衡的武装力量，这些都可能使一个武将的野心不受控制地膨胀。
针对这些原因刘宗周建议一要在军队中派驻常驻监军贴身监督带兵将领，二要让文官管理粮草和武器装备尊上命按时、按地、按量放不得轻给，三要定期换将让将领与士兵无法建立私人关系，四要让守备部队和野战部队分开让不同将领统辖互相监督。