孙承宗想了想对天启说：“臣能够理解皇上此时的心情，不过请皇上不要轻易下断言。 臣建议把红山卫的士兵全部拉到皮岛去归毛文龙管理并训练，千户、百户等军官全部派往西南各地任职，因为那里刚刚平完乱比较缺军官。红山卫的正副指挥使三天内押解进京审查，如果三天后皇上还坚持要处死他们，也算是他们罪有应得。”
天启说：“可以，就按先生说的办。不过既然今天你们三位都来了，朕就让你们各自办点事。南直隶的几家大户就请刘一燝刘大人去办，你可以邀请湖广商会的曹会长一起商议一下，这商人应该以什么样的态度面对朝廷。这也是刘大人的职责，你要让他们摆正态度，如果他们不能认清自己该做什么，该如何约束自己不断膨胀的贪心，那么朕会继续加大对他们的限制。至于说这几家大户，如果没有深刻的认识和今后的实际行动，朕不介意抄家杀人。”
刘一燝说：“出了这样的事也是大家都不想看到的，既然皇上这么说是不是意味着只要他们认错服软就可以放他们回家？”
天启说：“光认错服软是不行的，要他们从思想深处找根子在哪里，朕会继续关注他们的行为。你告诉他们，他们没有第二次在朕这里获得原谅的机会，让他们没事的时候多想想贫穷时候的心愿，已经比一般人过的好就可以满足了，不要人心比天高被银子迷失了本性。”
待刘一燝答应后天启又对刘宗周说：“你们圣学院的职责是交流汇聚各种思想，而且一开始朕就告诉刘大人圣学院还有个重要职责，不知道刘大人记得是什么吗？”
刘宗周说：“臣记得，是避免异端邪说毒害天下！臣没有放在心上致使有这次的事情生，请皇上治罪！”
天启说：“这是一个长远而且宏大的工程，出点问题是不奇怪的，刘大人不必自责亡羊补牢未为晚。不过这思想问题是最难解决的问题，不知道刘大人准备怎么入手？”
刘宗周说：“臣记得当时跟皇上商讨过，这解决人的思想就像治水一样，只能疏导而不能堵截。臣准备在圣学院里专门开辟两处辩论之地，一处为公开辩论处可称其为明辩，让不同的成熟的思想在此处碰撞融合，并使其他人得到启；另一处为私下辩论，让不太成熟的思想在此互证，以求获得共同进步和互相补充，不知道皇上以为如何？”
天启说：“可以试行一段时间，不过万一有都不能说服对方的时候，刘大人准备怎么办？这是很可能生的事。”
刘宗周想了想说：“既然不能彼此说服，那就说明各有一定的道理。而且这种事还不能有裁判，因为没有人能够站在那个高度，不如由皇上来圣裁如何？”
天启摇了摇头说：“朕跟你们比只是投胎时运气好一点，聪明程度那是远远不及，圣裁的话以后休要提起。朕的意思是如果出现彼此不相上下的情况就记录下来，慢慢地求同存异。相同观点就固定下来在实际中应用，不同观点放在那里让时间和实践来证明。既然决定开始就要拿件事来开头，就好比做生意要选个日子和项目开个张，朕的意思是让霍维华、乔应甲这帮有怨言的官员先来。”
刘宗周问：“他们身为朝廷官员却私下毁谤皇上，皇上不想治他们的罪吗？”