严鸿在扬州待下去，每天倒也没有闲着，召集文武，安抚地方，同时令云初起等以钦差随行武官身份，参与对卫所兵的整顿，把个直东各处郡县的兵备，整顿得是井井有条。原先一盘散沙的扬州卫所兵和灶勇队伍，在云初起的督导分派下，竟赫然有了几分军容。当然，撒点银子來犒赏下大兵们自不必少。这对严鸿来说却是毫无难度。别的不说，从张永富孝敬的银子中漏出万把两来，就够那些大头兵high上天了。
这当儿，东西两处的消息也都传来。西边一路，闹事的包括南京振武营及部分卫所兵，总共有两万余人。那南京振武营本是嘉靖三十四年（1555）为了抗倭而建立的，按照旧制折合军粮，有妻者一石，无妻者减十之四即为六升，后来又改成直接发折合银子。可是等到去年严鸿把倭寇杀得大败之后，江南文官以倭寇既灭，那么军费开支应该加以节俭。可是胡宗宪要编练新军，这边的开销简直是不减反增的节奏，因此南京诸军的军饷就有些吃紧了。到了今年里，南京户部尚书马坤就把折合的银子给剪了下去。再加上南京的户部右侍郎黄懋官又是个生性刻板认真的主儿，对于南京各卫军士吃空饷的事情相当反感，每个月都要严厉清查逃亡空饷的事，这样就使得南京振武营等军士的火气越来越大。到了七月初一里。也不知道怎么回事，忽然大家就爆发了哗变，围攻户部右侍郎黄懋官的住宅。把黄侍郎砍死，还把衣服剥光了，尸体扔在大路上。
居正以钦差正使到达南京之后，得知南京城池尚且守得严实，乱兵主要在城郊作乱，便与兵备使王崇古合力，调集周边兵马。首先断绝了南京地区周围的主要道路、要隘，又派遣长江水师封锁码头。使得乱兵的动荡不能进一步扩展。接着，张居正先派人传唤乱兵中的代表，询问他们的要求，得知振武营和卫所兵的借口是。今年里户部克扣了军饷，使得他们生活艰难。张居正当即宣布，钦差在此，正是要纠察江南百官，设若真有人克扣军饷，王命旗牌在此，定当严惩不贷。但同时，作为军人哗变造反也是不可的。速速各自回归营寨内，朝廷既往不咎。同时。命令户部先发一部分粮食给士兵。
但这时候乱兵中的一些为首煽动者则提出要求，要朝廷赦免全部参加人员。张居正表示，对于绝大部分被诱骗裹挟的士卒。只要及时幡然悔悟，不再参加变乱，朝廷肯定不会追究。但对其中为首的分子，则要查清罪恶，予以对应处置。若是想避免官法，唯有速速自首。祈求宽免。同时，张居正拿出查账的劲头。对近一年来的军饷下发账目进行严厉清查，发现了几个确有侵吞嫌疑，按律当斩的小吏，就在南京城里斩首示众。这样软硬兼施，乱兵的声势也就下去不少。这时候，各地的精锐援军也到了，张居正便大模大样，将哗变的士兵各自驱赶回营，又逮捕了几十个为首的。问题得到圆满解决。
另一方面，在浙江地区，果然再次发生了倭寇大举入侵的事情。有所不同的是，这一回来的却是真倭为主，人数虽然只有几千，但战斗力相当强。所幸胡宗宪这边，自从去年里阵斩辛五郎，擒杀陈东、叶麻，又招安汪直之后，这一年来并没有马放南山，反而抽出款项来，打造战船，购置枪炮，加强浙兵为代表的营兵。先前听说南京兵变，扬州变乱后，又得到严鸿通知，只抽调部分兵马前去各处巡行弹压，防范可能的骚乱，却把主力依然在浙江各地严阵以待。而倭寇竟然大模大样，直扑杭州湾，妄图登陆烧杀。绍兴附近，也有些本地的汉奸、匪徒内应。结果上虞一战，戚继光的戚家军大展神威，一战歼灭真倭三千余人，其中斩首八百，还生擒了数十人。从生擒的人审问结果，这些真倭一部分是原先日本的海盗，自从汪直被朝廷招安后，他们不肯金盆洗手，干脆自己扯起旗号来，也有一部分就是日本大名的部下的武士。这其中，有五百名是日本第一流诸侯今川义元的部下精兵，为首的竟是今川义元的侄儿金川义后。不过这位贵族在战阵之上已经被戚家军的火枪给打死了。听俘虏的人说，这次之所以部分日本大名派遣了正规军加入劫掠，是因为从中国逃过去的大明官员李文藻煽动的结果。
严鸿得知此事，拍案怒道：“李文藻这个老王八蛋，你逃去日本保全狗命倒也罢了，居然勾结倭寇，入侵大明。回头抓住他，不给他一寸一寸剐了，实在难消我心中之恨。”
陈可愿道：“严玺卿，属下担心的是，李文藻既然煽动倭寇起来闹事，这海路又是不畅，对咱们开海通商的大计，却不是好消息。”
严鸿笑道：“这个不必担心。如今倭人自己正在彼此诸侯割据，混战不休，他们原本就抽不出多少力量来入侵。这次李文藻煽动倭人来犯，必然是许以重利。如今他们在浙江打这一仗，没捞到什么好处，反而损兵折将，再要肯继续投入兵力，那就是傻子了。依我看啊，李文藻在浙江捅了这么个大篓子，他在日本的日子也好过不了。再说，咱们在海上还有汪直、徐海的船队，打这些真倭不在话下。回头我上奏朝廷，晓喻日本各诸侯，不得与我大明为敌，说不定李文藻都能拿了来。”
到七月廿五，张居正把南京事务基本安顿，带着队伍又返回扬州。而胡柏奇也带从杭州回来。大家碰在一起，严鸿于严园设家宴为张先生接风。席间。严鸿对张居正道：“张先生在南京，以雷霆手段，平息兵变。学生我实在佩服。不过您也看了，学生我留在扬州，实在是担心别有乱党呼应，故而留下来以防万一。结果真让我候着了，又扫除一股乱党，倒不是一味贪图安逸享乐。”
张居正笑骂道：“纯臣，你倒真是一个福将。明明就是贪图安逸享乐，也能立下这等功劳。那李文藻也是国朝进士。谁知道丧心病狂，竟然做出这等事情，可叹可哀。不过，他既多行不义。倒也是咎由自取。虽是我恩师徐阁老的同年，也顾不得他。纯臣，国朝多讲究亲属、师承、门派，相互奥援，已是惯例。但有些事情，却须得大义灭亲。不然，亲友相顾，盘根错节，牵一发而动全身。那便一事无成。”
严鸿听张居正这般说，连连点头，心中却有一丝疑惑。一边冯保要紧出来道：“说起来。这一回咱家跟随张大祭酒去南京，心头原来是有一点忐忑的。这乱兵好几万人呢，要是出个闪失，那还了得？谁知道，张大祭酒指挥若定，三下五除二。就把乱兵剿的剿，抚的抚。弄了个干净。回头听说，嘿，严小相公在扬州，居然能在谈笑之间，把数千流贼一网打尽，这真是名师出高徒，强将手下无弱兵啊。咱家跟着张大祭酒，也算是开了眼界，可惜看不到严小相公的手笔，也是遗憾。”
他这一句话既捧了张居正，又捧了严鸿，大家都哈哈大笑。张居正问严鸿道：“纯臣，南京振武营之事，横竖不过是欠饷兵变，再追查几个官员出来，便即了解。但这苏州城中的动荡，你准备如何上报？”