对待蒙古就不能像建奴那样要么诛杀要么俘虏带到其他地方做苦役了，因为一来他们所占据的土地大多都不适合做耕地，很难吸引关内的移民填充，就算将他们全部迁走，还是会有其他地方的蛮族来占据他们留下的土地，继续骚扰大明的边镇；二来如今的蒙古骑兵早已不复当初成吉思汗时的实力，而且各部落之间彼此厮杀不断，早就成了一盘散。，他们并没有能力给大明制造多少麻烦。
所以，李悠的计划是用军事、经济、政治等多种手段来加强对大漠的统治，先在各处战略要地筑城，建立城堡以驻军，再在周围展开屯田以节约开支，以军事力量镇压诸部，让他们不敢反抗，同时维护商路的通畅和商人的安全。
与此同时，在靠近大漠的几座城池建造各种农牧产品加工工坊，用来将草原上盛产的羊毛、羊肉、牛皮、牛肉等物加工成畅销产品销往各地，用经济手段来对草原进行控制；然后在各处城堡的外围建立商栈用来收购蒙古人的产出，销售他们日常所需的茶叶、盐等物品，将他们的日常生活和商路的通畅捆绑在一起，将蒙古草原纳入到大明的经济圈之内，等这里所有的人都要依靠和中原的交易来换取需要的商品时，他们就再也无法摆脱大明的控制了。
当然，李悠还会在城堡外面建立学堂，官府衙门，学堂用来教导那些部落贵人们的子弟，将来如果没有完成学堂的学业，他们就没有资格继承父兄的地位，然后用大明文化的优越性将他们慢慢同化；官府则用来维持当地秩序，慢慢和那些部落贵人争夺权力，并最终将这些地方变成大明官府的直接管辖地。
此外，李悠还打算引进中原的宗教来和密宗、萨满教等争夺信徒，所以他也会在城堡周围建立一些寺庙道观，让那些僧侣和道人以此为基础，广泛吸纳信徒。
在逐渐荡平了林丹汗的残余势力之后，李悠开始分配任务，他将刚刚打下的草原分成几个都护府，让曹变蛟、李自成、张献忠等年轻将领充当都护，并对蒙古草原上的势力范围进行了重新划分，靠近城堡、拥有肥美草场的土地被划给了那些临阵倒戈的部落，而更远一些，较为一般的草场被划分给很快就屈膝投降的部落，至于少数负隅顽抗的部落，则只能分到最为贫瘠的草场，或许用了多久，他们就会被其他部落彻底吞并。
虽然大多数俘虏都被放归，但林丹汗的亲信部落却不能轻易饶恕，这些人将负责蒙古草原通往中原的大道、还有各处城堡的修筑，大明此前在修筑宁锦防线的过程中积累了丰富的经验，再加上李悠又融入了西方棱堡的长处，等城堡修好以后，只需数千兵马驻守，就可牢牢控制住广袤的土地。
等安排完这些事情，将蒙古草原的东部留给曹变蛟、李自成等人处置，李悠则带领着卢象升、曹文诏、满桂等人继续向西方攻去，在哪里还有卫拉特蒙古没有消灭，他们因为和林丹汗的仇恨，所以没有参加这次的联军，倒是让他们暂时躲过一劫。
卫拉特蒙古元朝称为斡亦剌惕，到了大明则称作瓦剌，因其与成吉思汗家族有世婚关系，所以在蒙古诸部中享有特殊的地位，在朱元璋起兵推翻蒙元的过程中，卫拉特蒙古逐渐壮大实力，不断兼并其他部落。
到了明成祖朱棣时，他曾在御驾亲征中大败卫拉特蒙古，卫拉特蒙古的首领脱欢接受了朝廷的封号，称顺宁王；等到脱欢的儿子也先继位的时候，卫拉特蒙古发展到鼎盛，控制东部蒙古各部，一面又利用军事征讨、封官许愿、联姻结盟等手段，把乞儿吉思、哈密、沙州、罕东、赤斤、兀良哈三卫等，分别置于自己统治之下，又结好女真各部，使之为其效力，极盛时势力东抵朝鲜，西达楚河、塔拉斯河，北括南西伯利亚，南临长城。
并对大明发动了大规模进攻，明英宗在宦官王振怂恿下御驾亲征，也先诱明军至大同，破其前锋。紧接着，又聚军于土木堡，歼灭明军主力，俘明英宗而去；这一战之后大明元气大伤，但于谦在京城却也给也先带来了惨重的损失。
其后，卫拉特蒙古内部发生分裂，也先和脱脱不花爆发激烈战争；脱脱不花初与弟阿噶多尔济联兵，彼此实力大致相当，难分胜负。后因兄弟内讧，阿噶多尔济叛投也先。脱脱不花势单力薄，逃往兀良哈，卫拉特蒙古就这样逐渐衰落了。
也先之后，达延汗兴起，东部蒙古逐渐压过了西部蒙古，时到如今卫拉特蒙古分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部，准噶尔部强势控制天山南北，土尔扈特部西迁到伏尔加河沿岸，和硕特部在固始汗率领下迁到青海，杜尔伯特部游牧于科布多阿尔泰山一带。
也就是说，卫拉特蒙古现在正好占据着昔日大唐安西都护府的辖地，由于这块土地重要的地理位置，以及日后葛尔丹对中原的威胁，李悠都不能任由他们逍遥自在，现在土尔扈特部和杜尔伯特部或许还有些鞭长莫及，可准格尔部和和硕特部却必须要解决。
这两个部落的实力比起林丹汗的联军来，却又要弱了许多，李悠在留下半数人马镇守东部蒙古之后，余下的兵力解决他们依旧是绰绰有余，反倒是青海和西域复杂的气候、险要的道路给他们造成的麻烦更大。
不过李悠对这里的地形、气候倒是格外的熟悉，指挥这大军有惊无险的避过了许多自然灾害，顺利的找到了准噶尔部和和硕特部的主力，并将其击败，收回了中原对青海还有西域的统治权，重新建立安西都护府和北庭都护府，以曹文诏和陈继盛二人镇守此地。