那刘裕已为众所推，作为盟主，总督徐州军事，用孟昶为长史，檀凭之为司马，当下号召徐兖二州众士，得一千七百人，出次竹里，传檄远近，声讨桓玄。玄因命扬州刺史桓谦为征讨都督，并令侍中殷仲文，代桓修为徐兖二州刺史，会同拒裕。谦请发兵急击，玄皱眉道：“彼众甚锐，向我致死，我若一挫，大事去了，不若屯兵覆舟山下，以逸待劳，彼空行至二百里，无从一战，锐气必挫。忽见我大军屯守，势必却顾，我再按兵坚垒，勿与交锋，使彼求战不得，自然散去，这乃是今日的上计哩。”谦尚执定前议，仍然固请。玄乃请顿邱太守吴甫之，右卫将军皇甫敷，北击裕军。各军陆续出发，玄心下还带着惊慌，绕行宫中，徬徨不定。左右从旁劝慰道：“裕等不过乌合，势必无成，至尊何必多虑？”玄摇言道：“裕乃当世英雄，刘毅家无担石，樗蒱且一掷百万，何无忌酷似彼舅，共举大事，何谓无成？”说至此，又忆从前不听妻言，懊怅不置。原来裕为彭城内史，曾在桓修麾下，兼充中书参军。修尝入都谒玄，裕亦从行。玄见裕风骨不凡，称为奇杰，待遇甚优，每值宴会，必召裕入座。玄妻刘氏，从屏后窥见裕貌，谓裕龙行虎步，瞻顾非凡，将来必不可制，因劝玄趁早除裕。玄欲倚裕为助，故终不见从，谁知裕还京口，果然纠众发难，做了桓玄的对头，玄怎得不悔？怎得不恨？但已是无及了。刘寄奴王者不死，蛇神且无如之何，玄夫妇怎能死裕。刘裕率军径进，攻克京口，用朱龄石为建武参军。龄石父绰，曾为桓冲属吏，至是龄石虽受裕命，自言受桓氏厚恩，不欲推刃。裕叹为义士，但令随着后队，不使前驱。行至江乘，正值玄将吴甫之，引兵杀来。甫之向称骁勇，全不把刘裕放在眼中，拍马直前，挺槊急进。裕军前队，却被拨落数人，正在杀得兴起，蓦有一将驰至，厉声大呼道：“吴甫之敢来送死吗？”甫之未曾细瞧，已被来将大刀一劈，剁落马下。看官道是何人？原来就是刘裕。裕乘甫之不备，把他劈死，便即杀散余众，进军罗落桥。对面有敌阵列着，乃是玄将皇甫敷。裕又欲亲出接战，独司马檀凭之，纵马先出，与敷交锋，战了数十回合，凭之力怯，一个失手，为敷刺死。裕不禁大怒，自出接仗，敷素闻裕名，不敢轻与交手，惟麾众围裕，绕裕数重。裕毫不畏缩，倚着大树，与敷力战。敷呼裕道：“汝欲作何死？”说着，即拔戟刺裕。裕大喝一声，吓得敷倒退数步，不敢近前。可巧裕党共来救应，击破敷众，敷解围欲走，裕令军士一齐放箭，射中敷额，敷遇创仆地，裕持刀直前，将要杀敷，但听敷凄声语道：“君得天命，敷应受死，惟愿以子孙为托。”裕一面允诺，一面下手斩敷，随令军吏厚恤敷家，安抚孤寡，示不食言。且因檀凭之战死军中，特令他从子檀祗，代领遗众，仍然进薄建康。
桓玄闻二将战死，越觉惊心，忙召诸术士推算吉凶，并为厌胜诅咒诸术，并问及群臣道：“朕难道就此败亡么？”群臣皆不敢发言。独吏部郎曹靖之抗声道：“民怨神怒，臣实寒心。”玄瞿然道：“民或生怨，神有何怒？”靖之道：“晋氏宗庙，飘泊江滨，大楚祭不及祖，怎得不怒？”玄又道：“卿何不先谏？”靖之道：“辇下君子，统说是时逢尧舜，臣何敢多言。”玄无词可答，只长叹了好几声。威风扫尽。寻使桓谦出屯东陵，卞范之出屯覆舟山西，共合二万人。裕至覆舟山东，使军士饱餐，弃去余粮，期在必死，先令老弱残兵，登高张旗，作为疑兵，然后与刘毅等分作数队，突进谦阵。毅与裕俱身先士卒，拚死直前，将士亦踊跃随上，喊声动地。适有大风从东北吹来，裕军正在上风，便放起一把火来，火随风势，风助火威，烧得桓谦部下，都变了焦头烂额的活鬼，那里还敢恋战，纷纷大溃。谦与范之，也一溜烟似的跑去，苟延生命。
玄因两军交战，时遣侦骑探报，侦骑见了疑兵，即返报裕军四塞，不知多少。玄亟遣武卫将军庾赜之，带领精兵，往援谦军，暗中却使领军将军殷仲文，至石头城预备船只，以便逃走。忽有探马踉跄入报，说是桓谦卞范之两军，俱已败溃。玄忙集亲信数千人，仓皇出奔，口中还声言赴战，挈同子昇及兄子濬，出南掖门。适遇前相国参军胡藩，叩马谏阻道：“今羽林射手，尚有八百，非亲即故，彼受陛下累世厚恩，应肯效力，乃不驱令一战，偏舍此他去，究竟何处可以安身？”玄不暇对答，但用鞭向天一指，便即策马西走。驰至石头，见仲文已备齐船只，即下船驶行。船中未曾备粮，经日不食。及驶至百里外，方从岸上觅得粗粝，刈苇为炊，大众才得一饱。玄勉强取食，咽不能下，由子昇代为抚胸，惹得玄涕泣俱下，复恐追兵到来，径往寻阳去了。
惟建康城内，已无主子，司徒王谧等，当然背玄，迎裕入都。王仲德抱元德子方回，出城候裕。裕接见后，便将方回抱入怀中，与仲德对哭一场，面授仲德为中兵参军，追赠元德为给事中，然后将方回缴还仲德，引兵驰入都中。越日，移屯石头城，设立留台，令百官照常办事，取出桓温神主，至宣阳门外毁去，另造晋室新主，奉入太庙。又派刘毅等追玄，所有桓氏族党，留居建康，尽行捕诛。再使部将臧熹入宫检收图书器物，封闭府库，熹一一敛贮，毫无所私。裕乃倡言迎驾，使尚书王嘏，率百官往寻阳，迎还安帝。嘏与百官奉令去讫，惟王谧居守留台，推裕领扬州军事。裕一再固辞，让谧为扬州刺史，仍领司徒，兼官侍中，录尚书事。谧复推裕都督扬徐兖豫青冀幽并八州，领徐州刺史，裕即受任不辞。辞扬州而不辞八州，其意可知。当下令毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。凡军国处置，俱委任刘穆之，仓猝办定，无不就绪，朝野翕然。只诸葛长民前与裕约，谋据历阳，事尚未发，为刺史刁逵所闻，将他拘住，槛送建康。行亚当利，闻得桓玄出走，建康已属刘裕，解差乐得用情，破槛放出长民，还趋历阳。历阳兵民，乘机反正，逐去刺史刁逵，逵弃城出走，正与长民相值，再经城中兵士追来，无从逃避，只好下马受缚，由他解送石头，一刀处死。子侄等亦皆骈戮，惟季弟给事中刁聘，幸得赦免。裕令魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。先是裕少年微贱，轻狡无行，名流多不与往来，惟王谧素来重裕，尝语裕道：“卿当为一代英雄。”裕亦因此自负。会与刁逵赌博，输资不偿，逵缚诸树上，责令还值，嗣由谧代为偿还，方得释裕。裕感谧愈深，恨逵亦愈甚，至是酬恩报怨，才得伸志。惟桓玄篡位时，谧实助玄为虐，手解安帝玺绶，献与桓玄。见前回。时论皆不直王谧，谓宜声罪伏诛，独裕力为保全，谧才得无恙。因私废公，终属非是。
桓玄奔至寻阳，将要息肩，闻得刘毅等又复追来，他急胁迫安帝兄弟，及何王二后，乘舟西行。安帝被徙寻阳，事见上文。留龙骧将军何澹之，与前将军郭铨，刺史郭昶之等，堵仗湓口。刘毅等不能前进，尚书王嘏等，无从迎驾，只好还报刘裕。裕乃托称受帝密诏，迎武陵王司马遵为大将军，暂居东宫，承制行事。遵父名晞，就是元帝第四子，受封武陵，由遵袭爵，留官建康，任中领军。桓玄篡位，降遵为彭泽侯，勒令就镇。遵甫出石头，裕军已至，乃退还就第，此时总摄百揆，称制大赦，惟桓玄一族，不在赦例。可巧刘敬宣司马休之，自南燕奔归，遂令休之领荆州刺史，监督荆益梁宁秦雍六州军事，敬宣为晋陵太守。他两人奔往南燕时，曾与刘轨高雅之同行，见前回。后欲密图南燕王慕容备德，事泄南奔，轨与雅之被南燕兵追斩，独休之敬宣得脱，还为晋臣。休之奉命赴镇，但此时的荆州，尚为桓石康所据，怎肯让与休之，再加桓玄自寻阳奔赴，当然迎纳桓玄，与晋反抗。玄仍称楚帝，即以江陵为楚都，眼见得桓玄虽败，还有一片尾声。小子有诗咏道：
石头城内庆安全，半壁江山得少延。
只有荆襄还未靖，尚劳兵甲扫残烟。
欲知江陵如何攻克，待至下回再表。
刘裕起兵讨玄，主谋者实为孟昶，昶之怂恿刘裕，为私怨而发，非真知有公义也。观其对妻之言，全为刘迈一人，而周氏独能倾囊相助。且谓义无归志，彼知从夫之义，宁不能知报国之忠，其所由慨然给资者，正欲昶之乘间除逆耳。周氏诚贤矣哉！本回特举以标目。所以扬巾帼，愧须眉也。何无忌母，为弟复仇，犹其次焉者耳。刘裕一举，桓氏瓦解，师直为壮，曲为老，复得裕以统率之，何患不成？玄之惧裕，譬诸贼胆心虚，不寒自栗耳。然裕诛刁逵而不诛王谧，裕已第知有私，不知有晋矣，宁待篡位而始见裕之心哉？