就像三代火影曾经在大蛇丸年幼的时候看出大蛇丸的野心一样，自来也凭借着自己的细微的观察，同样也发现了宇智波祭和其他小孩子不同的地方。
简而言之，就是宇智波祭比其他的孩子太成熟了，而且，或许是受到宇智波一族基因的影响，在同伴身死后，宇智波祭“暗黑”面比其他任何人都要多，与开朗阳光的波风水门形成了鲜明的对比。
可以说，从那时起，自来也就断定了宇智波祭不适宜当火影。就像老谋深算、心性阴暗的志村团藏不适合当火影一样。因而，在三代火影第二次咨询自来也的意见时，自来也的意见就已经抛弃宇智波祭，完全倾向于波风水门了。
然而，命运弄人，随着波风水门身死、宇智波祭继任，自来也惊讶地发现，这一切剧情，就仿佛是设定好的一样，完美衔接，令自来也无力反驳。
当然，自来也唯一能够从中感到欣慰的，就是大蛤蟆仙人的新的预言了。在大蛤蟆仙人的预言里，宇智波祭将帮助大家渡过劫难。这或许是自来也决定支持宇智波祭的唯一的一个理由吧。
只不过，从大蛤蟆仙人的预言里，自来也隐隐约约看到了一点猫腻。要知道，大蛤蟆仙人不仅预言了宇智波祭将拯救忍界，还预测到宇智波祭将凭借自身强大的实力统一忍界。
五大忍村之中，木叶、云隐村、岩隐村的实力最为接近，相互之间的矛盾和历史恩怨也是最多的，木叶要想在战争中或战争结束后以和平或联盟的方式统一忍界，简直是天方夜谭。
而且，以宇智波祭的性格，是不屑于采用这种方法的。唯一的解释，或许就是宇智波祭用暴力血腥的方式，统一了忍界。
作为忍村机制建立后成长起来的忍者，自来也对统一的好处毫无认知，因此，对于宇智波祭即将要做的事情，自来也感到深深的恐惧和不解。
恐惧的是，忍界统一后的情况或许还不如现在，不解的是，宇智波祭为什么要冒着天下之大不韪去做这种不知道值不值得的事情。
“算了，既然预言是无法改变的，那么，我也就只能尽好自己的责任了。”自来也叹了口气，对自己无力改变现状的局面有些无奈。
自来也现在唯一能够做的事情，就只有辅佐并监督好宇智波祭的行为了。一旦宇智波祭有什么非分之想，自来也将利用自己的权势和地位，及时纠正宇智波祭的“错误”行为。
……
木叶村。
一座隐蔽的树洞前。
宇智波祭停下了步伐，左右观望了一会儿，确定没有人跟踪自己后，宇智波祭缓缓走进了这个黑暗的树洞。
“你是谁？”宇智波祭刚刚进入，就有一个头戴面具的“根”部忍者拦住了自己。
“宇智波祭。”宇智波祭冷漠地开口说道，“或者，你也可以叫我的代号，毕竟我也曾在这里工作过很多年……”