送走了葡萄牙使团后，周重就立刻督促总督府治下的造船厂加快速度建造军舰，特别是那种新型的瓦伦战舰，这种战舰已经通过了水师的测试，并且得到了水师上下的一致好评，甚至连那些被俘的葡萄牙人，也对这种战舰赞不绝口，因此周重已经开始对手下水师进行搬装，日后瓦伦战舰将成为大明水师的标准战舰。
除了战舰之外，四海总督府在得到正德皇帝的同意后，立刻开始对水师进行扩编，毕竟现在总督府治下的海域越来越大，光靠原来的那点水师根本不够，所以周重经过仔细的考察之后，决定将水师扩张为三支舰队。
其中第一支舰队名叫东海舰队，主要游弋在双屿港以北的大明海域，这片海域相对比较平静，特别是在朝鲜内附，倭国内乱的前提下，更是没有多少事情可做，顶多也就是救助一下海上遇难的商船，顺便协助沿海的州府维持治安，并不是用来对外作战的舰队。
第二支舰队名叫南海舰队，这支舰队的作用与东海舰队一样，只不过管理海域变成了双屿港之南，海南岛与吕宋岛之北的广大海域，这两只舰队都是大明的内海舰队，并不需要装备太过精良的战舰和武器，使用的都是以前四海水师退下来的老战船。
除了上面的两支内海舰队外，剩下的这支舰队才是周重真正的杀手锏，这支舰队就是他花费了大量心血，同时也集中了所有水师精锐的南洋舰队。
现在周重虽然占据了马六甲和旧港，堵死了葡萄牙人进入南洋的通道，但是南洋的大部分地区都还处于当地土人的统治之中，各个小国彼此争斗不休，而且这些小国的土人几乎都像旧港的那些土人一样，一个个又懒又蠢，若不是南洋这里物产丰富的话，恐怕他们早就因为自己的懒惰饿死了。
大明国内天灾不断，每年光是大大小小的天灾加在一起，就足够朝堂上的众臣头痛的，毕竟只要是遇到天灾，就需要进行调集各种物资救灾，这些物资不但包括粮食，有时还包括衣物、农具、种子等等，这些开销加在一起，早已经让大明的财政不堪重负了。
但是现在却大不一样了，自从之前河南洛阳一带的水灾使用了移民之法，并且那些移民还在台湾、马六甲等地生活的很好，这使得大明官员在处理各种天灾之时，第一个想到的就是迁移灾民，毕竟只要灾民少了，需要的救灾的物资自然也就少了，更不用担心灾民因为饥饿而造反，可谓是一举数得，而且灾民的迁移费用大部分也是由四海总督府支付，当地的官府只需要派出官吏组织迁移就行了，所以现在大明各地只要有一天灾，大地上立刻就会出现长长的迁移队伍。
每年最少数十万的灾民迁移出来，周重自然要给这些灾民找到安置的地方，台湾府那边的地方虽大，但是随着这两年的迁移，台湾那边最好的平原已经被先到的灾民用完了，剩下的大都是山地或密林，想要开辟为居住的地方实在不是一件容易的事，而且周重觉得与其花大力气开山砍树，不如再去寻找另外一些更好的地方，比如南洋那里的各个海岛，虽说那里天气炎热了一些，但是却物产丰富，土地也十分的肥沃，最适合种植水稻或甘蔗，有这样的好地方不去占，周重自己都觉得对不起那些灾民。
不过现在南洋的那些海岛还都掌握在那些又懒又蠢的土人手中，为了让他们心悦诚服的把土地让给那些大明来的可怜灾民，所以周重觉得有必要对那些土人进行“劝说”，所以他就成立了南洋舰队，整个舰队不但拥有最好的战舰，同时也拥有数量庞大的陆战队，他们就是“劝说”南洋土人的主要力量。
对于这支南洋舰队，周重可谓是费尽了心思，整个舰队共有主力战舰一百二十艘，辅助战船无数，总兵力达到了四万余人，分为四支分舰队，分别由四个海军将领统率，而且他们四人直接向周重这个总督负责，毕竟如此强大的一支力量，周重不放心将它交给任何人。