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海军部舰队有着极为完善的舰队管理体系与单舰指挥体系，下面我将依次介绍。
舰队指挥体系。
舰队指挥体系在四大舰队与四大舰队中的各个小型舰队基本相同。四大舰队的最高指挥官被称之为海军上将，权限为三S，其中有两颗S为金质。舰队指挥官同时出任舰队旗舰舰长，舰队最高负责人等职务。舰队指挥官直接向监事会负责，这有些类似于清朝时设置的军机处，但是每一位舰队指挥官的治愈都不是军机处大臣所能相比的。
舰队指挥官向下移位自然是舰队副指挥官，军衔同样为海军上将，但是权限是有两颗银质的S与一颗金质的S组成。舰队副指挥官同时出任舰队旗舰副舰长，舰队第二负责人等职务。舰队副指挥官受到舰队指挥官与监事会的双重制约，同时副指挥官在旗舰上并不会接任舰长的职务，则与之后的单舰指挥体系有关，在下文中的“单舰指挥体系”中会做详细解释。舰队副指挥官身居第二指挥中心，专门接收来自舰桥中舰队指挥官发出的舰队调动命令，并转发个分支舰队进行执行。
每个舰队中都有参谋部，而参谋部就是舰队中的第三指挥阶级。参谋部并没有直接的指挥权，但是他们在舰队指挥官进行空间集团战斗时为舰队指挥官出谋划策。参谋部的参谋军衔从上校至少校不等，所以权限也分为两个层次。大校与上校军衔的参谋有着A级的权限，而中校与少校军衔的参谋则有着B级的权限。在一般的战舰上，参谋并不能参与到集团作战的策划中来，只有在各个舰队的旗舰中的参谋有着参与策划的权力，但是分支舰队旗舰上的参谋也没有参与策划整体舰队调动的权限。参谋在舰桥中，负责收集整理分析从第二指挥中心发送过来的各种战场信息，其中绝大部分会被这里成有用的信息传达给舰队指挥官，有舰队指挥官进行决断与舰队调动的策划。
以上就是舰队的指挥体系，接下来要介绍的是单舰的指挥体系。
单舰指挥体系。
“单舰”指可以独立完成包括空间作战，情报收集，武装巡逻，火力打击，空降作战，突入星球大气层作战以及人员运输，物资运输的任务的海军部舰队战舰，这样的战舰在舰队指挥体系中被称为“单舰”。
单舰的最高指挥官为舰长，军衔为海军上将，海军中将，海军少将。级别最高的舰长是将队的总指挥官。舰长通常只对自己指挥的战舰负责，舰长可以下发在单舰内执行的命令。
舰长之下是副舰长，军衔为海军少将。副舰长是舰长因各种原因离职之后的第一顺位者，但这仅限于驱逐舰，护卫舰以及其他非战斗舰船。通常情况下在舰上负责第二指挥中心，与舰队中副指挥官有着类似的责任，但与副指挥不同的是，副舰长可以接任舰长的职务。
大副是单舰上的第三指挥阶级，军衔为大校或上校。通常情况下在战舰上扶着驾驶。大副直接向舰长负责，并且只听从舰长的命令，与驾驶班一起负责对战舰运行轨迹进行设定，应急改变战舰姿态，与战时高速行驶、躲避。