在很久很久以前，有着一株神树，世人膜拜。
神树是天地创始之物，被人类尊为神柱，顶礼膜拜。神树从未卷入过任何人类的战乱。
突然有一天，神树上竟结出圣果，圣果一千年才会结出一次。但人类的祖祖辈辈皆留下祖训，万万不可染指圣果。
但是由于人类无休止的战乱，一名公主求胜心切，竟偷食了圣果。她的名字叫做大筒木辉夜。传闻公主之后得到了神的力量，凭一己之力平定了战乱。
这就是超凡力量的来源。
岁月悠悠流转，不知道过了多久，神树的力量蔓延至人类方方面面，但却没有得到太多的改变，因为很多的人拥有的神树之力都非常少。
而拥有很多神树之力的较少的人，则能够掌握自然阴阳五行之力，超凡的他们可敌百千万人，自称为忍者，完成其他人托付的任务，获得酬劳。
后来，有一个被称之为“神”的人，带领一众忍者和拥有很多神树之力的人，来到了莽荒的古森之中，建立了与世无争的“木叶”隐村，其余超凡者们则学习这个神之人，纷纷建立了村落，而最强的五个隐村，便是木叶，雾，云，岩，砂……
不知道在哪一天，这个世界悄然间出现了科学，工业体系，党派，军事这四种概念，在刚开始的时候，科学就受到了隐村的重视，而工业体系则被拥有大量生产资料的上层人看重……
当然，主角并不仅仅是他们，他们是钥匙，是开始，主角是所有人，包括了默默无闻的平民。
隐村们的超凡之人研究科学，提升术法的力量之时，科技也一并诞生。看重工业体系的资本家则颁布了一个又一个任务，率先建造属于自己的工业体系，筑起了工厂，这个时候并没有什么现代工人，但有着很多很多没有什么力量的农民和手工作业者……
有的资本家圈地，使得农民失去赖以生存的土地，只能进工厂，也有的资本家恶意的扫荡一个个村落，抓人进入工厂作为劳动力……
工厂，环境恶劣，有的厂房甚至漂浮着有害人体的生产废物碎屑，所有工人的劳作时间都超过了十八个小时，而呆在工作岗位上的时间，更是超过了二十个小时——大部分人没有一座房子或者一张床，只能坐在工业岗位上睡觉。
律例也很严酷，并且没有做到的工人，都被管理者惩罚至死，警告其他工人。
高压，死亡，狭窄，恐惧……
大量的负面情绪不断堆积，人数众多的工人感受到了逐渐临近死亡的窒息感，但也就在这不知不觉之间，基因因为生存的绝望而开始自主进化，来适应这个新的世界，那蕴含量极少的神树之力不能成为武器，却能够成为精巧的工具。