接着朱由崧开始调兵谴将了，当即传旨从京营兵抽调四万，从附近的凤阳、泗州、扬州、镇江、滁州、和州、芜湖等地抽调三万，从操江水师抽调五千组成水师营，加上五千御营兵，连同马步军一共是八万大军征讨左良玉。
让郑鸿逵统兵一万为先锋营，剩余的六万人马组成马步营，加上五千御营由朱由崧亲自统领，刘肇基作为马步营副统领兼御营统领，还有五千水师营交由铁臂苍龙贺兆雄指挥，沿江而上，朱由崧的计划是水陆并进。
现在的操江水师也今非昔比，由原来的一万余兵马发展至一万三千余人，这主要是绿柳山庄接受朝廷招安以后，山上两千多名庄兵全部编入操江水师的缘故，老英雄贺兆雄也在水师中任指挥使，现在朱由崧传旨把这两千多庄兵全部抽出，又从操江水师抽出两千多精锐，合在一起共五千人交由铁臂苍龙贺兆雄统领，任命操江水师的佥都御使海盗出身的郑彩为水师副统领，贺宣娇、柳春红等作为参将偏将一起随水师一起出征。
这次御驾亲征与以往不同，朱由崧不知道多久战事才能结事，参考历史上的大事时间表对京师做了周密部署，不能棋胜不顾家，让阎应元带领六万京营、操江水师提督尚有八千水师配合，负责京畿一带的安全，锦衣卫都指挥使祖海统领万名锦衣卫负责维持京师百官秩序，朱由崧把京师军政事务临时由交给内阁首辅兼兵部尚书高弘图和大学士王铎负责，京师的兵备事宜当然由刘孔昭主事，让兵部、户部和御马监紧密配合，十日之内八万大军必须完成集结，所须粮草军饷也须齐备，朱由崧决定十日后起兵。
今年武科取士的九名中榜者，目前只有郑大木一人在京城，因此朱由崧这次决定带着他一起征讨左良玉，也好让这位历史上的民族雄走出校门先到战场上历练一下。
御前会议散去之后，参加的十一位文武大员按照朱由崧的龙意拟旨的拟旨，准备粮饷的准备粮饷，该抽调兵马的抽调兵马，该发布檄文的发布檄文。
因为就算是朝廷用兵也得师出有名，不是无辜兴兵，而且还是朝廷讨罚大臣，对方是朝廷亲封的平贼大将军、宁南伯武昌侯、太子少保等，这就更得有个名分了。
不然，朝廷知道怎么回事，老百姓不知，天下之口悠悠。连年的征战，老百姓饱受战乱之苦，流离失所，背井离乡，他们对战争深恶痛绝，要骂得让老百姓骂左良玉是乱臣贼子，而绝不能让百姓骂他这个帝王纵兵滥伐，昏庸无道。
就像是前者朱由崧对四镇军将用兵，老百姓都知道高杰泛兵扬州，对抗朝廷，都知道刘良佐和刘泽清不听朝廷调度，不讨贼驱虏，因此朝廷必然要剿灭之。
因此，朱由崧一边命大学士王铎拟写讨贼檄文，一边让内阁首辅与司礼监拟旨，一日内连发了十二道金牌，急诏左良玉进京面圣，共商讨贼驱虏事宜。
南京离武汉千里之遥，没有现代的通讯工具，但古代传递烽火有自己的独特方式，不止是用狼烟，还设有专门的驿站，一日之内能达数百里，因此左良玉接到金牌赶往京城也是绰绰有余的。
然而十日后左良杳无音讯，十二道金牌全部石沉大海，这也是在朱由崧预料之中的，这时兵员粮草等均已齐备，大学士王铎洋洋洒洒的讨逆檄文也写好了，朱由崧看过之后非常满意，这时南京城外八万大军整装待发。